5年后的三月，慈禧生皇长子载淳而被册封为懿妃，不久又晋封为懿贵妃。在咸丰皇帝驾崩于避暑山庄后，治丧期间因与慈安太后分住烟波致爽殿东西暖阁，故也被称为“西太后”。
公元1860年，咸丰十年七月，载淳即位，是为同治皇帝，慈禧与钦贞显皇后，即东太后并尊为两宫皇太后，御临养心殿，垂帘听政。
公元1874年末，同治帝病逝。慈禧立只有5岁的载恬为光绪皇帝。直到公元1889年初，才由光绪帝亲政。但“上(光绪帝)事太后谨，朝廷大政，必乃行”。其实，光绪皇帝的亲政不过是名义上而已，一切朝政军国大事仍是慈禧决断。
公元1908年11月14日，光绪皇帝驾崩的瀛台涵元殿，年仅38岁。慈禧立醇亲王载沣子、年仅3岁的溥仪为帝，年号宣统。次日午后，慈禧在紫禁城仪鸾殿病逝，终年73岁。朝廷上谥号为“孝钦慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙配天兴圣显皇后”总共25字，为有史以来皇后身后哀荣之最。、
但是，作为手握朝政军国大权的慈禧太后，在临死之前的后事安排一直都是一个谜。那么，这位垂帘听政近半个世纪的皇太后弥留之际念念不忘的是什么?耿耿于怀的又是什么?对于自己的身后究竟有什么政治安排呢?
光绪皇帝之死，是清末较大的一桩历史疑案。多种记载认为，光绪是被害死的。人们议论最多的，是慈禧太后。其主要理由是，光绪自5岁进入宫中之后，就开始受到慈禧太后的专制管理，精神上一直处于紧张和压抑的状态之中。及至长成亲政，内忧外患，太后的处处掣肘，心情也很少舒畅。
戊戌**失败，被禁闭于瀛台，种种精神上的折磨和打击，珍妃的惨死，更增添了思想上的愁闷。如此长期承受巨大的精神负担，身体不被压垮，那才奇怪呢!不过，尽管光绪34年时，皇帝的身体已经很虚弱，并且自年初患病起，就没有痊愈过，但是种种的迹象表明，病情还不至于导致光绪突然去世。
光绪在去世的前一天，曾经发布谕旨，令全国各地督抚，遍寻名医灵方，推荐进京，为其治病。这件事说明，病人此时神智还非常清醒，对治好病，仍然有很大的 信心。另外，光绪“脉案”中没有任何“吐血”的记载，病人的结核病尚未到达非常严重的程度。
还有一件事值得深思，就是光绪三十四年十月二十日，即光绪皇帝 去世的前一天，慈禧太后死前的两天，清廷以光绪皇帝的名义，向全国发布了两道谕旨：其一，命醇亲王载沣之子溥仪，在宫内教养，并在上书房读书。其二，任命 载沣为摄政王。
这道谕旨字里行间的意思是很明确的。溥仪在这里虽然未被立为大阿哥，但事实上已成为未来的皇位继承人。显然，这两道谕旨 并不是皇帝所发。甚至光绪本人就根本不知道有这两道谕旨。且不说光绪这时正在生病，即使是身体健康的时候，朝政也完全掌握在慈禧太后手中。
平日上朝，光绪只是摆设，即使是很小的事情，也没有什么发言权。决定皇位继承人这等重大问题，慈禧绝对不许光绪染指，更不可能让他独自作主。很清楚，谕旨是按照慈禧太后 的意思颁布的。如此，则反映出两个问题：
第一，颁布谕旨时，慈禧太后的生命已经到了之后的关头。她非常清醒地意识到了这一点。第二，颁 布谕旨时，慈禧已经决定，她要看着光绪死去。如果光绪死在了慈禧太后的后面，那么，令溥仪进宫及载沣为摄政王的谕旨，就等于一纸空文。
因为在慈禧太后死 后，光绪肯定要改变这个并非出于他本意，甚至在他完全不知道的情况下做出的政治安排。关于这一点，慈禧太后比任何人都清楚。解决的办法也只有一个，那就是 叫可能改变这个决定的人，死在做决定的人的前面。事实上，依据慈禧太后的性格和为人，她早就打算这么做了。
“戊戌叛变”之后，慈禧就想置光绪于死地。她痛恨光绪曾要发兵围颐和园，并要将她囚禁。但是光绪毕竟是大清国的皇帝，同一般的政敌不一样。叛变后，光绪刚刚从政治舞台上消失，就立刻引起朝野内外，以至国际上的强烈反响。如果皇帝又突然去世，势必要引发更大的社会动乱。投鼠忌器，她不得不隐忍一下。
以后慈禧又多次想方设法废掉光绪的帝位，但依然受到来自各方面阻力而未果。而此时，慈禧太后年迈的身体已经病入膏肓，已经没有什么再可顾虑的了。这位统 治具有四万万人口的我国近半个世纪的女人，临终前最不希望的，就是因自己生命的结束，而给了政敌光绪以胜利的机会，使他得以重掌朝政，改弦更张。
如果是这样，慈禧太后将死不瞑目。权力是慈禧生活中最重要的内容。在所有的政治角逐中，她要永远扮演胜利者的角色。果然，在颁布令溥仪进宫谕旨的第二天，光绪去世。溥仪受命继承大统，为宣统皇帝。其父摄政王载沣，出任监国。次日，已经奄奄一息的慈禧太后，做出了她一生中的之后一个决定：嗣后，一切军国政事，均由监国摄政王裁定。
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