朱棣当皇帝后，建文四年（1402年）六月十八日，恢复了周王朱橚、齐王朱榑的爵位。随后恢复代王朱桂、岷王朱楩的爵位。永乐元年（1403年）正月，明成祖令周、齐、代、岷四王归藩。六月二十六日，成祖取消建文帝之父朱标的兴宗庙号，重新称懿文太子；七月十二日，成祖将朱允炆的三个弟弟由亲王降为郡王；十一月将朱标之子朱允熥、朱允熞废为庶人，囚禁在老家凤阳。
朱棣因为反对建文帝削藩而起兵，为了争取诸王拥戴，还改变祖制给予宗室更高的品级。如按照洪武年间规定，镇国将军（郡王之子）为三品，辅国将军四品，奉国将军五品，镇国中尉六品，辅国中尉七品，奉国中尉八品。而成祖“遂加镇国将军从一品，辅国将军从二品，奉国将军从三品，镇国中尉从四品，辅国中尉从五品，奉国中尉从六品”。
然而由于朱棣自己是武装夺权的，为了保证大权稳固，他即位后先将诸边塞王改封于内地，然后逐渐解除诸王的兵权：永乐元年（1403年）削代王护卫及官属；永乐四年（1406年）削齐王护卫及官属，不久废为庶人；永乐六年（1408年）削岷王护卫及官属；永乐十年（1412年）削辽王护卫；永乐十五年（1417年）废谷王为庶人；永乐十九年（1419年）周王见势不妙，主动献还护卫。洪武朝带兵的十三位亲王，永乐朝削去了六个护卫。与此同时，大封靖难臣，将大批有经验的武臣保留下来，加强大权，从根本上改变了中央和诸藩的军事力量对比。
虽然朱棣实现了朱允炆当年的目的，但只解决了眼前的问题，并没有改变祖制；其子汉王朱高煦和赵王朱高燧仍然设立了三护卫。宣德元年（1426年），朱高煦叛乱，再次证明亲王典兵不是办法。亲征平定叛乱后，明宣宗利用其威望，迫使绝大部份藩王交出了护卫，并从各个方面对宗室加以控制。此后，宗室与中央的矛盾逐渐由军事上对z权的威胁转变为大量增加的俸禄对中央财政的压力。
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