尽管如此，朱元璋对朱允炆的继位仍放心不下。洪武三十一年（1398年）闰五月，朱元璋病故，庙号太祖，皇太孙朱允炆即位为帝。临终前，朱元璋立下遗诏，“皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民”、“诸王临国中，毋至京师”。
朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。尽管有朱元璋的遗诏，不许诸王“入临、会葬”，但燕王朱棣仍直奔京师（今南京）。朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，令朱棣返回北平（今北京），对此朱棣十分不悦。
藩王势大
建文帝即位时，镇守北部边疆的诸王已有很大的权势，宁王朱权“带甲八万，革车六千”。燕王朱棣更握有“节制沿边士马”的重权。朱允炆对这些皇叔们忧心忡忡。建文元年（1399年）正月，朱允炆即位不久，燕王朱棣即遣长史葛诚入朝奏事。朱允炆遂向葛诚密问燕王府之事，葛诚如实禀告，乃派他返回燕王府，作为内应。葛诚回到燕王府，朱棣见他神色不对，心中不免作疑。
随即朱棣亲自入朝，他自恃皇叔身份，径直走皇道入宫，登陛不拜。监察御史曾凤韶弹劾其不敬，户部侍郎卓敬也密奏，以燕王“智虑绝人”，建议将他徙封至南昌，但都被朱允炆以“骨肉至亲”，婉言拒绝。朱棣察觉到朝廷对自己怀有戒心，回燕王府后，便托辞患病，以观事态的变化。
废削五王
藩王势力如此做大，建文帝与兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄商量削藩之事。齐泰、黄子澄以诸王权势过大，恐难驾驭为由，力主削藩。在削藩顺序上，齐泰认为应先削实力强的燕王。但黄子澄反对，认为燕王有无过，为了争取舆论支持，应该先找有问题的亲王下手。建文帝支持黄子澄，遂先后废除五位亲王。
洪武三十一年（1398年）七月，建文帝削周王朱橚。因周王朱橚是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王沆瀣一气，于是决定先废周王。时周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化（今昆明以西、大理以南）。
建文元年（1399年）四月，朝廷削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王朱柏不堪受辱，为保名节举家自裁；齐王朱榑被软禁在南京；代王朱桂被软禁在封地大同。两个月后，明廷削岷王朱楩，废为庶人，徙漳州。
由于朝廷削藩激化矛盾，藩王与朝廷开始决裂，此时实力强的燕王就成了真正的众藩之首。而朱允炆与朱棣之间的博弈亦逐渐激化。
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