至元十一年（1274）8月，忽必烈任命新都为东征元帅，洪为右副元帅，刘为左副元帅。蒙汉军司令2万人，高丽军5600人，高丽水兵6700人，共3.2万余人，东征日本。第一次日元战争爆发时，日本史书称之为“文永之役”。
10月3日，袁军从高丽合浦（金贞湾马山铺附近）出发，三天后成登陆库马尔岛，彻底摧毁了岛上的守备部队。14日晚，400余元兵力登陆伊奇岛，与100余名守岛日军展开激战。日军被打败，撤退到城里。第二天，这座城市倒塌，岛上的护卫长平自裁。袁军准备登陆博多湾。当他走近沿海的费钱岛时，他遭到了护卫费钱的松浦宗（松浦党）的勇敢抵抗，松浦党受了重伤。19日，袁军成登陆博多湾，但由于地形不利于大部队的部署，又有一天从太宰府出发，袁军当晚从船上撤退，准备第二天进攻太宰府。
20日上午，袁军分两路登陆博多湾。西路军在白道源登陆，与日军交火。日军的作战方式明显落后于袁军，袁军具有绝对优势。在此期间，袁军东路军成地向博多湾以东的川崎方向登陆，打败了守军，并从背后突袭了与西路军作战的日军。日本武士腹背受敌，并撤退到太宰府水城。袁军乘胜追击，但由于刘副司令在追击中被箭射伤，进攻减弱，到了深夜，袁军停止了进攻。

当晚，袁军召开军事会议。会上，只有高丽将军金认为当时的形势有利于袁军，并声称要坚持残酷的战争，夺取太宰府，等待增援。其他将军认为形势不利，高估了日本军队的数量，没有增援部队回国，并支持撤退到公海。于是新都下令撤退，但不幸的是，撤退当晚遭遇了风暴。据史料记载，在这次远征中，袁军损失了13000余人，其中大部分不是死于战争，而是死于风暴。
忽必烈被失败的消息震惊了，他无法忍受这一不幸，但当时遭受了与南宋王朝的战争，无法分裂他的军队在日本。因此，他希望用口头威胁征服日本。
1275年，忽必烈派遣特使前往日本，要求日本天皇和师宗北泽向蒙古投降。作为回应，日本人处决了这名不幸的特使，并积极备战。他们的主要防御措施是沿着博多湾建造一堵石墙。这项工程需要五年时间才能完成，但在完工之前，它可以在任何时候提供有效的保护，抵御袁军的进攻。另一方面，修建这堵墙将迫使袁军队寻找其他沿海登陆点。
忽必烈给了日本人足够的时间来完成这座防御工事。蒙古第一次入侵七年后，忽必烈组织了第二次远征日本。忽必烈当然没有打算给日本人七年的准备时间。一方面，他忙于征服南宋战争，无暇顾及。与此同时，人民作为抗日战争的重要力量，也需要时间从1274年的远征中恢复过来。战争严重损害了韩国经济。蒙古人不仅从当地居民那里强迫大量的小麦和消耗大量的材料，而且还招募了大量的成年男子为这次远征服务，只留下了非常年轻的劳动力来耕种。因此，当地出现了粮食短缺，忽必烈需要定期向高丽提供粮食帮助。
1279年，南宋末代皇帝跳入大海淹死。忽必烈终于解放了他的手，集中精力征服日本。那一年，忽必烈之后一次派遣特使说服日本人改变态度。然而，北条师宗却声称这些使者都是间谍，并将他们全部斩。为了报复，忽必烈发起了一次大规模的远征。
为了确保胜利，忽必烈制定了详细的入侵计划，并仔细平衡了远征军指挥官的组成，包括蒙古人、汉族人和韩国人。洪，一个韩国人，是海军司令，因为韩国国王坚持认为，韩国指挥海军的水手。远征军的韩军司令是刚刚向蒙古投降的南宋将军范文虎，蒙古军的司令仍然是新都。袁军队有10多万人，而则组织了1万人、1.5万名水手和900艘船只，并提供粮食供应。忽必烈为了感谢的积极援助，特别指示袁军在穿越领土时不要打扰人民。第二年，忽必烈用大量物资完成了远征部队的任务，包括军饷、盔甲、弓箭。
1281年，第二次探险正式开始。根据袁军司令部的计划，4万名士兵乘坐韩国船只从我国北方开往益气岛，并与10万名来自福建泉州的蒙古军队会合，共同进攻日本其他地区。然而，与探险开始时有偏差。首先，将军们在各方面都持不同意见，争论不休。然后，从南方夺取我国船只的主力部队推迟了战斗机的战斗。6月10日，在指挥官的指挥下，早早抵达的军队占领了伊奇岛。
在长时间等待主力部队的到来之后，这支军队不得不在两周后继续独自向九州岛进军。他们在宗祥附近登陆，宗祥位于日军努力修建的主要防御工事以北不远。这时，我国南方军队终于完成了准备工作，在得知他们的盟友已经登陆后，他们决定加入他们在九州。他们在九州南部登陆，打算进攻北方并加入其他袁军。有这样强大的军事力量，看来袁军的胜利在即。
然而，事实并非如此。日本士兵借用长城形成的防线，成地阻止了蒙古军队在南北两条路线上的进攻。韩、蒙、朝三军指挥官之间的矛盾也削弱了远征军的力量。此外，代表远征军绝大多数的汉军士气低落，根本不愿意参加这场艰难的战斗。结果，两军打了将近两个月的仗，彼此联系在一起。
然后，突如其来的自然灾害以惨败结束了忽必烈发起的远征。8月15日和16日，一场巨大的台风袭击了九州海岸。蒙古军队试图在公海航行以避免危险，但失败了。台风使北方4万士兵中的三分之一丧生，10万江南士兵中的一半以上丧生。海岸附近的士兵被日本人屠S，或者在试图借助留在岸上的船只逃跑时溺水身亡。
蒙古人的失败使日本自我膨胀的种族主义情绪一度猖獗。日本人认为台风来自上帝，是为了保护日本神风队和他们的土地。他们相信上帝永远不会允许敌人征服和占领他们的领土。

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