根据其双重性质和代表中央控制不同地区的使命，行省在地方司法方面发挥了联络作用。首先，行省有义务干预和朝廷指定的一些监狱案件。第二，他负责审理涉及官员和属于该管辖区的人员的棘手监狱案件，并遣散某些刑事监狱。还调查了涉及省级官员的刑事案件。
行省在上述监狱案件时，必须严格执行朝廷的相应规章制度。世祖至元五年（1268年）的一份文件中说：“四川省人民将中央秘书处移交给中央秘书处进行协商，并说：“来协商吧，但有费用。除了根据诏书对中央秘书处进行笔试之外，还有无数的指控。我不知道如何决定[扣押]，请决定这件事。“在该省，如果涉及犯罪名称和公务，首先将其提交检察机关起草，然后再咨询相应的无情法律的细节。最重要的是，考虑过去和现在，起草一份明确的指控。除了结束严肃的判决和咨询外，还将邀请轻囚犯“判断情况”“并按照上述规定实施。”
在正式文件的前半部分，省要求中央就“无穷无尽的职位”和“如何作出决定”作出指示；下半年是中央的回应。应该说，这一回答对元代监狱管理具有普遍的指导意义。它规定，行省在处理“罪犯姓名公务”和核对法律法规中提出的定罪名称时，可以自行开除较轻的罪犯，必须关闭“重刑”，并提交朝廷审批。

关于“严惩”的协商，《元代刑法年鉴》中的“大恶”一文进一步明确：“一切造反行为都认为……行省不得擅自裁人，必须予以谴责”。这也是朝廷多次以诏书的形式通知有关省份的原因。除一些特殊的杀人案件外，所有省份都遵循这条路线。例如，在《大德行》早期，江浙两省平张博洛欢就想对杭州十大贵族的进行处罚，而中央人民刑罚部改变了棍棒罪，因此按照中央人民的决定执行。行省与朝廷的关系也包括一些疑难案件或与一般规则相冲突的案件。例如，在仁宗年间，江苏和浙江两省计划砍掉刘世英的钱包和肾脏，以驱逐好人。由于“一般规则得不到遵守”，他们将案件提交省指示。
在地方司法系统中，行政省属于第五级，隶属于县以上监狱管理局、三府三州、鲁（直接隶属于和国家）和廉政监察局。他们级别高，权力大，可以根据较高朝廷的意愿处理一些监狱案件，可以履行推动和审查管辖区内的疑难监狱案件和省级官员案件的职能。然而，在司法权力方面，行省必须“尊重，管理自己的地区，并就大型监狱的问题作出决定，只有在提出书面报告后才能这样做”。
也就是说，虽然中央派出的较高地方官员办公室是一个省，但它没有专门负责地方刑事监狱的权力。该省的上述司法权一般代表朝廷行使。其司法职能的性质相当显著。从某种意义上说，在元代多层次的地方司法和朝廷执行制度中，省是地方与朝廷之间的关键纽带，也是该制度运行的重要工具。

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