乌思藏都指挥使司，简称“乌思藏都司”，是我国明朝对今自治区除昌都地区以外的大部分地区以及锡金、不丹的较高军政管辖机构。洪武五年(1372)乌思藏内附，六年(1373)置乌思藏卫（今），属西安行都司；七年(1374)改置乌思藏都指挥使司，治所乌思藏。明朝还采取“僧官制度”，封喇嘛教僧人为卫所的指挥使、同知、通判等官。较高僧官为法王，任乌思藏都指挥使，世袭。地区与明朝中央是隶属关系。

明朝对藏政策主要形式为洪武年间在藏内设置羁縻性质的都司、卫所等军政机构，有明一代，元朝扶持的萨迦势力逐渐衰微，噶举派的帕竹地方大体掌握了藏中的政治大权，后期格鲁派势力在固始汗的扶持下不断坐大，内部各宗派势力竞相发展而鲜有明朝参与。

1368年，朱元璋在南京当皇帝，建立明朝。1369年，朱元璋派遣官员持诏谕前往，着令各部归顺明朝。诏书说到朱元璋“命将率师，悉平海内。臣民推戴为天下主，国号大明，建元洪武。式我前王之道，用康黎庶。惟尔吐蕃，邦居西土，今我国一统，恐尚未闻，故兹诏示”。同年，明太祖还派遣陕西承宣布政使司的官员许允德前往藏地进行第二次诏谕，“令各族酋长举故官，至京授职”。

1370年，明朝军队攻取洮、岷等州（洮州、岷州），并进克元朝的吐蕃等处宣慰使司都元帅府（脱思麻宣慰司）的治所河州，吐蕃宣慰使何锁南普遂降明。元顺帝病殁，在此情势下原先忠于元朝的西北藏族首领陆续归附明朝。1371年，的世袭封主镇西武靖王卜纳剌（元世祖忽必烈第七子西平王奥鲁赤的五世孙）携带元朝颁发的印信，率吐蕃诸部首领到南京向明朝纳款，表示归顺。

明朝收缴了元朝授予他们的印信，分别授予他们为河州卫指挥同知、靖南卫指挥同知，并准予其子孙世袭。属下官吏也授千户、所镇抚等职。1372年，故元摄帝师喃加巴藏卜带领六十多人赴南京朝见明太祖，表示归降。喃加巴藏卜被明太祖封为“炽盛佛宝国师”，赐玉印一颗。他还先后两次向明朝举荐故元的藏族旧官一百多人，皆被授予各级官职。

1370年年正月，当时控制乌思藏大部分地区的帕木竹巴第悉（帕竹首领的称号）释迦坚赞（即《明太祖实录》所记的“故元灌顶国师章阳沙加”）在被明太祖封他为灌顶国师后，遣使入朝，贡以佛像、佛书、舍利。在此之后，藏族地方的大小僧俗首领，也纷纷来到首都南京请封，明朝一律授给他们以新的官职和封号。如指挥同知、佥事、宣慰使同知、副使、元帅、招讨、万户等职，以及国师等封号。对于新封的僧俗首领，明太祖要求他们“自今为官者，务遵朝廷之法，抚安一方；为僧者，务敦化导之诚，率民为善，以共乐太平”。

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