不存定制
军机处办公的地方不称衙署，仅称“值房”。军机大臣的值房称为“军机堂”，初仅板屋数间，后来才改建瓦屋。军机章京的值房，最初仅屋一间半、后来才有屋五间。军机处也无专官，军机大臣、军机章京都是以原官，皇帝可以随时令其离开军机处，回本衙门。
军机大臣既无品级，也无俸禄。军机大臣之任命，并无制度上的规定可供遵循，基本出于皇帝的自由意志。军机大臣的职务也没有制度上的规定，都是皇帝临时交办的，所以军机大臣只是承旨办事而已。“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”，这些都说明军机处是皇帝中央集权的好的工具。
运行高效
军机处的办事效率很高。根据内阁制度，下属官员有事题奏，或皇帝颁发诏旨，都是经过层层机构，辗转交送，常常要花费很多时间。军机处则不然，均由大臣和章京通同办理，皇帝有谕，随时奉诏承办，而且必须当日事当日毕。在通常情况下，军机大臣每日早5点左右进宫觐见皇帝，有时一天召见数次，主要是承受谕旨，然后回堂拟写。 起先由大臣亲自主稿，后来才改由章京起草，大臣拟定。经皇帝认可后，按照谕旨的性质分“明发上谕”和“廷寄上谕”两种形式向下传达。明发上谕指交内阁发抄，宣示天下。廷寄上谕因奏请而降旨，事属机密，由军机大臣直接密寄具奏人。廷寄需封入信函，交兵部加封，发驿驰递，根据事情的缓急，或马上飞递，即日行300里，或400里，或500里，或600里加急，一律由军机章京在封函上注明。
封口及年月日处，加盖“办理军机处”银印。如遇特别机密紧要的密谕件，则由军机大臣自行缮写封固，上写“军机大臣密寄”。这一套廷寄制度，减少了很多中间环节，大大加快了办事速度。
严格保密
军机处在清代初设阶段，由于无保密制度。时有部院官以启事画稿为名，侦探消息传播街市，目为新闻。造成清廷许多军国要事的严重泄密，其后果是可想而知的。这严酷的教训，使清代军机处不得不对保密规制进行强行规定。据清吴振棫《养吉斋丛录》载：军机处自清朝嘉庆以后其保密规制始严，规定凡军机大臣只准在军机处输谕旨，部院稿案不准在军机处输，司员不准至军机处启事，军机章京办事处（章京系专职办事官员）不许闲人窥视，王以下及文武大臣不准至军机处与军机大臣谈论。 至于通谕王公大臣之事，在乾清门阶下传述，不许在军机处传述。并命科道官一人轮日至隆宗门内纠察。与此同时，军机处所收到的各类奏折和皇帝朱批的谕旨，都有一整套严格的保密管理规定，每日奏折，于寅卯二时发下，由军机章京分送各军机大臣互阅。
凡皇帝在奏折上批有“另有旨”、“即有旨”的奏折，由军机处章京贮于专门的保密奏折，由军机处章京贮于专门的保密黄匣中，交军机大臣捧入请旨，然后由军机大臣根据皇帝的旨意，命军机章京起草谕旨，经皇帝石朱笔改定后，交各部院速议速办。为防止文件在传递过程中的失密，由军机处将文件密封后交兵部捷报处递往。
在文件的封袋上，分别规定右书“办理军机处封”，左书“某处某官开拆”，至于皇帝亲笔改定的谕旨，在封袋上，则居中大书“传谕某处某官开拆”，其封口及书年月日处皆钤印。除此之外，皆使领者（领取文件者）注明画押于簿中，谓之“交友”。这可谓保密责任到人了。
清军机处还实行了严格的归档保密规定，值日章京。凡所奉谕旨，所递片单，均钞钉成册，按日递添，月一换，谓之“清档”。凡发交之折片，由内阁等处交还及汇存本处者，每日为一束，每半月为一包。均责成章京检覆无讹，按季清档，月折及各种存贮要件，收入柜中，值日者亲手题封，谓之“封柜”。清军机处还设有专门的档案房，有专职的保密人员管理这些档案，由此而使军机处的保密工作做得非常之好，同时，为后代留下了许多难得的珍贵史料。
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清朝军机处和明朝内阁的区别有哪些
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