《汉旧仪》说陵园建造是“凿以章程”，那么，李斯是按照什么样的设计理念、设计规划，来动员全国的力量组织施工的呢？自从20世纪70年代兵马俑坑发现以来，经过四十年的考古调查和发掘工作，以秦始皇陵墓为中心的陵园、陵区的地上地下文物遗存分布状况已经基本清楚。
以秦始皇陵墓为中心的陵园，呈内外套合两重围墙组成的“回”字形结构，南北长，面积约2.13平方千米。
内城以位于南半部的陵墓为中心，西北侧是自北向南呈左右各九个院落组成的高等级礼制建筑，东北侧是规模等级有所差异的99座中小型墓葬（也许和文献记载的被秦二世勒令殉葬的后妃们有关）；外城内西北处是负责陵园日常管理的机构。内外城墙上均有高大显赫的陵园门阙建筑。陵园外还有大量的遗存，如兵马俑坑、水禽坑、马厩坑、修陵人墓地等。
高大的陵墓封土是“非壮丽无以重威”理念的写照，虽然没有达到“五十余丈”（至少116米）的设计高度，但现高50米的巍峨封土依然是我国古代帝王陵封土高度之最。封土并不仅仅是由一层层的夯土构筑而成，而是在封土里、地宫周边还建造有一座高30米的矩形夯土建筑，东西南北外侧各呈九级台阶状，台阶上还建有用瓦覆盖屋面的建筑；台阶在东西两个方向，分别与东西墓道对应的部分有两个缺口。
这座恢弘的建筑是供秦始皇帝的灵魂从陵墓中出来，登高望远巡视帝国而用的。这表明秦始皇不仅死后要掌控地下的帝国，还要时时回到地上来巡视，这也符合春秋战国时期人们对死亡归宿和鬼神的理解：魂魄不再分而离之，而是和身体一同进入墓室，既归属于黄泉，也可游走于人世间，在陵园和宗庙接受后人的祭祀。
陵墓地宫位于封土之下，距地表深30米；地宫底部呈长方形，东西长80米、南北宽50米，高15米，墓室四周、顶部、东墓道顶部均为石质结构，地宫中“宫观百官奇器珍怪徙臧满之”。不仅如此，地宫还是秦始皇时期形成的汉文明阴阳五行宇宙观的模拟写照。秦始皇和我国历史上其他帝王都不同的一点是，他在自己的墓室中营建出“以水银为百川江河大海，机相灌输，上具天文，下具地理”的造型，再现出天地人相互关系的宇宙观。
地宫的顶部摹写着四神二十八星宿的天文图像，以天北极为中心，是盖天说天圆地方中“天圆”的摹写；地下以水银表现帝国疆域的水系，展示帝国的版图，是“地方”的体现，水银为水德象征，即表达秦人以水德代替周人火德，阐释了秦帝国建立的合法性；在“天地”之中的秦始皇帝的棺椁，是我国文明传承有序的择中、居中、居中而治理念的写照，表示秦帝国居中而治，也是帝国管理合理性的标志。
这是对秦始皇所理解的宇宙、阴阳、五行相互关系的真实写照，将盖天说理论下天地之中的“择中”理念和为皇帝专制社会治理体系提供支撑的天、地、人相互关联的天地、阴阳、五行宇宙观具象化在陵墓中，使得自战国以来形成的天地、阴阳宇宙观得以在墓室体现出来。
除了令人向往的秦陵地宫外，在陵园内外还发现了近两百座形状、规模各异的陪葬坑。这些陪葬坑内涵各不相同，除了传统的车马坑之外，还有百戏俑、青铜水禽、文官俑等。按照陵墓与地上宫室的对应关系，墓室之内对应着秦始皇的寝宫，陵园以地宫为中心由内及外，分别对应中央的各级管理机构。
这些陪葬坑是对秦中央机构的模拟，代表着皇帝专制下的中央集权郡县制。秦始皇以及他的团队基于对先秦社会制度的深刻反思，才有了郡县制的创造性构建，并首次将这套政治制度带到地下，表明秦始皇帝是我国历史上第一位明白，治理国家必须依靠也只能依靠制度的皇帝。
从秦始皇陵的设计理念和结构布局我们可以看到，营建秦陵的工程开始之时，秦始皇本人，或者至少是经过他授意的设计者或设计团队，是完全接受战国晚期的阴阳五行思想的。在他们的意识里，秦始皇山陵崩之日并不代表这位帝王的一切的终结，相反，“死亡”这个事件仅仅是生命形态的一个转变过程，即使有形的身体被埋葬入“穿三泉”的幽深墓室中，秦始皇依旧是掌握生杀大权的君主，也可以来往于两个世界，享受祭祀并登高出游。
秦始皇陵园的各种因素，如以各类陪葬坑组成的外藏系统、内外两重城垣、封土内的九层高台建筑、三出阙等，成为新时期中央集权社会治理体系的物化标志，表明秦始皇葬入地下之后依然享有至高无上的地位和“权力”。
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