1、职能不同
锦衣卫有侍卫仪仗职能，而东厂没有审讯犯人的权利。东厂、西厂和锦衣卫是明代在刑部、都察院、大理寺这三个司法机关以外设置的直接听命于皇帝，执掌“诏狱”的特务机构。东厂、西厂与锦衣卫共同点是监视、侦查、官吏的不法行为，即“巡查缉捕”。 但在综合职能方面，有所不同。一是锦衣卫主要职能为“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，即锦衣卫首先是皇帝的侍卫亲军和仪仗队，其侦缉廷杖职能是附属职能。即作为皇帝的贴身卫队，为了保证皇帝的安全，锦衣卫必须防患于未然。于是锦衣卫时时出动，刺探可能威胁皇权、危害朝廷的行为和言论，并捉捕和审讯嫌疑人。这项任务被皇帝特许，并逐渐演变为军事特务的职能。
而东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”，并没有侍卫亲军和仪仗队职能；二是东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理。
2、地位不同
锦衣卫和东厂的一开始是互补的，是平级，但东厂后来居上，有监督锦衣卫人员的权力。《明史·刑法志》记载“厂与卫相倚，故言者并称厂卫”。可见，一开始锦衣卫和东厂并存，是互补关系。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任，在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达；皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系 。在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
3、刑讯范围不同
锦衣卫刑讯范围只针对官员士大夫，而东厂监视范围除官员外，还包括社会名流、学者等各种政治力量。设置锦衣卫以“驾驭不法群臣”为目的，所以锦衣卫的刑讯范围只针对官员士大夫，所以一般不会审讯以及捉拿普通百姓。普通的百姓刑、民事案件只通过正常的司法进行处理。而东厂可以监视官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，不经司法审判，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担任高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。
4、性质不同
锦衣卫是亲军二十六卫之一，掌仪仗，侍卫，缉捕，刑狱。其实仍是军事机构，负责全国各地（东厂后期也涉及全国），以及它有刑狱职能（东厂中前期没有）。锦衣校卫拿人办案要具疏上奏，杀人也要拿刑部行文。 东厂百分百的纯特务性质监察机构，机构精简，前中期只是负责京城及附近的地区，厂公是宫里的大太监。
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