第一次带兵亲征：康熙二十九年，葛尔丹以莫须有的借口，堂而皇之的从大兴安岭南下直指北京。藩院尚书阿喇尼率兵迎战，在内蒙古败仗，准格尔趁势进入乌珠穆沁地区。七月初，清兵十万兵马从北京、河北分两路出发，康熙任命抚远大将军率左路，安北大将军率右路夹击。并且，还命令沈阳、吉林的将军向西出兵，协同主力军共同作战。
康熙帝玄烨则率兵驻扎在内蒙古正蓝旗一带。因地势不熟、粮草匮乏，在与准格尔交战时节节败退，失利南退。当准格尔军兵快要逼近时，康熙帝当机立断，命右路军阻隔准格尔军于高凉河一带，并让康亲王驻守呼和浩特一地，以阻断准格尔的退路。康熙帝让清兵休整十日后，秘密行军。
福全知道准格尔部在乌兰布统歇脚，而且，在上坡地区暴露了自己。因东西两侧没有任何屏障，准格尔部如靶心一样，任人瞄射。准格尔部见清军发动进攻，立马做出调整，将万匹骆驼的四肢捆绑住，放在地上，并在他们的背上放好笼箱，最终，形成了一个骆驼防御墙，士兵们依托箱垛，发射火器和弓箭。
清军调整速度很快，将火器列在最前排，推进火器时，步兵掩藏于后。清军集中火力大破骆驼阵法，准格尔士兵只好正面迎战。之后，清军骑兵又从左右两侧包抄夹击，杀死了很多敌军。准格尔头领见势不妙，再生缓和之计，差遣使臣向清军求和。他趁着夜色的掩护，率领残军北挺沙拉木伦河，并沿路边走边烧野草，企图延误清兵追击的速度。
之后，福全派使臣给葛尔丹写信，但是，好几个月都没收到回信。军中粮草不足，只能维持几天，于是，他干脆没请示康熙帝，就自作主张班师回朝。康熙帝表面不满，命令福全殿上谢罪。福全将多日来观测的葛尔丹行程汇报给了康熙，并表示认罪。
第二次亲征破敌：准格尔军队大败至蒙古，再度整装待发，并招募旧部意图再犯。为防止葛尔丹作祟，康熙采取了很多措施。比如：调整边防力量，加增武力装备等等。并且，巡视频率增强增大，还设立了大量的驿站和火器营，日常防守时，对军事训练也是有着安排的。康熙三十三年，清廷派人招葛尔丹来开会，葛尔丹不理，反而再度举兵南下，康熙决定与之开战。
为了确保战斗的胜利，清兵做了充分准备。调集兵马，征求熟悉蒙古的向导，携超过五个月的口粮，每名士兵则配有一个游牧民和一匹马，因此，清军组成了一支庞大的骑兵以及运输队伍，仅运粮食的大车就有六千台。为了“善其事、利其器”，这次随军的防雨、防寒设备也很充分，为穿越沙漠和沼泽地也做了准备，带了不少大木头。
不久，葛尔丹率三万精兵迎战，宣称有六万俄罗斯鸟Q，会把清军一举消灭。而事实上，康熙排兵布阵分为了三个队伍，打算一起围攻消灭葛尔丹部队。康熙坐镇巴兰乌兰地区，亲自指挥这次战役，令马思喀为平北大将军，命费扬古堵截敌军退路。刚开战没多久，敌军看清军势头迅猛，放下物资就逃命了。葛尔丹逃至乌兰巴托时，已经如瓮中之鳖一样被清军将领包围。
费扬古以逸待劳，在树林中埋伏以看准葛尔丹的走势，最终，放出了四百精兵强将引准格尔军到清军地盘，终于被孙思克率良将一网打尽。葛尔丹败仗受挫，已没有了对抗之心。慌乱之间，妻子阿努可敦被清军炮弹击毙，葛尔丹仅携几十个亲兵仓皇逃窜。
第三次亲征决胜：时隔一年，康熙帝再次率兵渡过黄河亲征准格尔。葛尔丹原来所有的伊利被侄子霸占了。他的亲信听说清军再度来战，干脆担任起清军的向导以求保命。葛尔丹见大势已去，没有挣扎的必要了，于是，服毒自裁。可以说，此战清朝不仅成阻止了准噶尔的东进，又将喀尔喀蒙古并入版图，为乾隆年间平定准噶尔奠定基础。
噶尔丹死后，策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又滋长了分裂割据的野心，沙皇俄国也积极支持其叛乱。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤、哈密等军事重镇，并派兵侵入，欲进行分裂叛乱活动。由于，康熙及时派兵进藏协同藏军进行围剿，才将策妄阿拉布坦叛乱势力赶出。
在与边疆民族各部的关系上，清朝统治者早就明确规定：“分疆别界，各有定制”。可以说，准格尔贵族在沙俄的支持下掀起的分裂运动是可耻的，也是令人唾弃的，势必遭到各族人民的强烈反对。他们本就不得人心，在战斗谋略上也大不如康熙智慧。准部内部也有很多致命弱点，康熙帝三定准格尔，最终，获得胜利的结局也是早已注定的。
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康熙三次西征噶尔丹的经过