朱棣当皇帝后，于建文四年（1402年）6月18日恢复周王朱橚、齐王朱榑的封号。后来又恢复了代王朱桂和岷王朱楩的称号。永乐元年（1403年）正月，明成祖命周、齐、代、岷四王归藩。 6月26日，成祖废掉建文帝父亲朱标的兴宗庙号，改称懿文太子。 7月12日，成祖将朱允炆的三个弟弟亲王降为郡王。十一月将朱标之子朱允熥、朱允熞废为庶人，囚禁在老家凤阳。
朱棣因反对建文帝削藩而起兵，为争取诸王的支持，还改变了宗制，提高了宗室的爵位。比如按照洪武时期的规定，镇国将​​军（郡王之子）为三品，辅国将军为四品，奉国将军为五品，镇国中尉为六品，辅国中尉七品，奉国中尉八品。成祖“遂加镇国将军从一品，辅国将军从二品，奉国将军从三品，镇国中尉从四品，辅国中尉从五品，奉国中尉从六品”。
但自从朱棣自己以武力夺权之后，为了保证大权的稳定，他即位后先将边塞王的爵位改为内地，然后逐步提升国王：永乐元年（1403年），裁减国王的侍卫和官员。 ;永乐四年（1406年），齐王的侍卫和官员都被撤掉了，很快就和平民一样被废了。永乐六年（1408年），削岷王侍卫官吏。十五年（1417年）废姑姑王为庶人；永乐十九年（1419年），周王见势不妙，提议归还侍卫。洪武朝带兵的十三位皇子，永乐朝砍掉了六位侍卫。同时，难以安抚的封建大臣维持了大批经验丰富的军事官员，壮大了大权，从根本上改变了中央与诸侯之间的军事力量对比。

朱棣虽然达到了朱允炆的目的，但也只是解决了眼前的问题，并没有改变祖制；其子汉王朱高煦、赵王朱高燧仍设三卫。宣德元年（1426年），朱高煦造反，再次证明太子兵不是办法。亲征平叛后，明玄宗利用自己的威望迫使大部分诸侯王投降，从各个方面控制宗室。此后宗室与中央的矛盾，逐渐从对z权的军事威胁，转变为因俸禄大增而给中央财政造成的压力。
强化集权统治
为了更有效地处理国事，建文四年（1402年）八月初一日，朱棣令解缙、黄淮入直文渊阁，预机务。内阁后来扩大到七名成员。从此，内阁在明朝政治中的地位越来越重要，甚至清朝也沿用这一制度。
另一方面，由于朱棣造反当皇帝，被大臣们猜疑，于是恢复了洪武年间废除的锦衣卫，恢复了明朝的谍报统治。后来，永乐十八年（1420年），朱棣又设立东厂，让亲信太监掌权，强化密探统治，提高宦官地位。到了有明一代，特务统治几乎幸免于难，成为重要特征。
由于靖难之战时在京的宦官提供的情报，成祖帮助成祖打败了惠帝。成祖即位后，一改太祖以来禁止宦官从政的政策，开始重用宦官。一方面，明朝出现了郑和等赫赫有名的宦官，他们下西洋以扬国威；宦官的作用（并非都是朱棣所立）。埋下了日后宦官祸国的种子。
迁都北京
洪武时期，数位边王（如朱棣、朱权）负责北方的防御，荆南之祸后，朱棣转战边王内地，导致北方防备不足北部。我国;守里守外的教训，所以在军事上，把都城定在金陵（南京），远程控制将领守边，风险很大； “天子守国门”可以解决这个问题。一个问题另一方面，由于建文帝在南京的影响较大，作为朱棣大本营的北平从政治上考虑更适合作为帝都。因此，朱棣在综合考虑各种因素后，决定迁都北京。
永乐元年（1403年）二月，朱棣改北平为北京，称顺天府（有别于元朝都城）；后迁京富民。北京叫行在。永乐年间，迁都北京的准备工作仍在继续，如修建北京城、建造宫殿、疏通水路等；至永乐十八年（1420年），北京故宫（紫禁城、故宫）和北京城建成，迁都，以南京为都城。

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