但是，张居正去世后，在保守派的激烈对抗下，改革最终以失败告终，张居正本人也成为了改革的牺牲品，落得个人亡政息的结局，明朝也继续走向了衰落的道路。对于张居正改革失败的原因，小编认为是由多种因素造成的。
首先，改革失去了皇帝和太后的支持。
张居正担任神宗皇帝时期的内阁首辅，拥有绝对的权力，同时他还是神宗的授业讲师，神宗年幼的时候，对张居正可以说是言听计从、毕恭毕敬，可是随着神宗渐渐长大，尤其是年满十八岁之后，已经可以独立处理朝政，并且想自己亲政，但是张居正却不肯放权，在李太后的支持下，仍然紧紧抓住权力，不愿意把朝政大权交给神宗，“帝甚惮居正。及帝渐长，心厌之”，这让神宗对张居正起了疑心，怀疑的种子一旦埋下，就难以拔除。于是神宗产生了逆反之心，对于张居正也由以前的敬畏和忌惮转为产生嫌隙和不满。
张居正去世后，神宗真正掌握了权力，为了恢复君主的权威，发泄这么久以来压抑在心中的对张居正的不满，也为了取得张居正反对派的支持，而对张居正进行了清算，废除了张居正的改革。
“帝命司礼张诚及侍郎丘模借锦衣指挥、给事中籍居正家”“诏尽削居正官秩，夺前所赐玺书、四代诰命，以罪状示天下，谓当剖棺戮尸而姑免之。其弟都指挥居易，子编修嗣修，俱发戍烟瘴地。”已逝的张居正不仅被削去了官职，以前赐给他的玺书、赐给家眷的四代诰命也被收回，劳不被承认，只剩下了一桩桩一件件的罪过，连他的弟弟和儿子也受到了牵连，都被发配到了烟瘴之地。随着张居正的身败名裂，他所推行的改革也因失去制度支持最终失败。
其次，改革没有推动和支持改革的社会基础。
张居正推行的一系列改革虽然对于明王朝的长治久安有好处，但是他的措施不可避免地损害了官僚贵族和地主豪绅的利益，引起了他们的不满，也得不到他们的支持。“夺情”事件之后，官僚队伍中的一些开明人士也放弃了对张居正的支持。
为了扫除思想障碍，张居正提倡经世实学，反对空谈，禁止讲学和另立学派，还杀害了当时著名的心学传播者何心隐，整顿了64座书院，并且将这些书院收归国有成为官办书院。这在一定程度上属于思想专制，在思想活跃、心学迅速发展的当时是不合时宜的，这些行为引起了信仰心学的读书人和士大夫的反对。
另外，对于清丈出来的地主的逃税地，只要把赋税缴清，就承认土地的合法使用权，而不是把地主多占的土地分给没有地的农民，所以没有解决土地兼并的问题，这样也就很难得到农民的支持。“一条鞭法”的实行，虽然减轻了商人和手工业者的负担，但是这两个阶级的力量弱小，没有形成一股新兴的政治力量来支持改革。
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