波黑自新石器时代就有人类居住，早期居民为伊利里亚人。公元前168年被罗马帝国占领。 455年东哥特人占领该地区，6世纪东哥特人被东罗马帝国打败，波黑南部一度成为东罗马帝国的一部分。6、7世纪阿瓦尔人开始入侵，斯拉夫人也一一进入巴尔干半岛。在接下来的几个世纪里，波斯尼亚和黑塞哥维那地区被周边国家数次瓜分。
1377 年，Tvrtko Kotromanić 建立了独立的波斯尼亚王国，但 1463 年奥斯曼帝国入侵，波斯尼亚被奥斯曼帝国吞并。奥斯曼帝国统治时期，当地斯拉夫人遭受武力、宗教人头税等迫害。它还规定所有穆嘶林都可以进入上等阶级；如果农民皈依伊嘶兰教，他们可以免交某些税款。过去的学者认为，今天波斯尼亚和黑塞哥维那的大多数穆嘶林都是由该政策造成的。

奥斯曼帝国还强制占领区的儿童与父母和家人分开，接受强化教育和训练，使他们成为近卫军的兵源，并迫使斯拉夫人后裔突厥化。他们还在他们占领的领土上对人们进行分级，赋予他们不同的地位。地主、士兵等为他们的统治效劳和效劳，享有崇高的地位，而仍信奉教的普通斯拉夫平民则被称为“赖亚”（源自阿拉伯语“野兽”）。
1908年，波斯尼亚和黑塞哥维那成为奥匈帝国的领土。1914年6月28日，痛恨奥匈帝国占领的塞尔维亚爱国青年普林西普在奥匈帝国皇太子时刺杀了他。帝国。帝国造访萨拉热窝，成为第一次世界大战的导火索，最终奥匈帝国盟友战败，帝国土崩瓦解，加入协约国的塞尔维亚王国获得。波斯尼亚和黑塞哥维那和克罗地亚的王国。该王国后来更名为南斯拉夫王国。
二战期间，纳粹德国成入侵南斯拉夫，王室逃往美国，波黑成为轴心国傀儡国克罗地亚独立国的一部分，战后回归主义国家。铁托南斯拉夫领导下的波斯尼亚和黑塞哥维那共和国。当时，波黑被正式承认为南斯拉夫联邦共和国，其边界是奥斯曼帝国的边界，与当地民族的实际分布大相径庭。

1970年代，南斯拉夫承认“讲塞尔维亚-克罗地亚语的斯拉夫穆嘶林”为穆嘶林（即波斯尼亚和黑塞哥维那独立后的波斯尼亚人），使原本构成南斯拉夫主体的民族由5个增加到.六新承认的穆嘶林族群在人口方面在南斯拉夫排名第三，仅次于塞尔维亚人和克罗地亚人。 1999年设立布尔奇科区，直属国家。
1991年6月，前南斯拉夫开始解体。波斯尼亚和黑塞哥维那主义共和国（南部前六大共和国之一）与塞尔维亚和克罗地亚的穆嘶林对波黑的未来存在重要分歧：穆嘶林建议从南斯拉夫独立，建立伊嘶兰共和国.波斯尼亚和黑塞哥维那（简称：波黑;克罗地亚人也主张独立，但希望建立一个松散的联邦国家；塞尔维亚人坚决反对独立。
1992年2月19日，波黑不顾波黑塞族人的，就独立问题举行全民公投。民意调查结果显示，大约62.8%的穆嘶林和克罗地亚人支持独立。 3月3日，波黑议会在塞尔维亚议员缺席的情况下宣布独立，民族矛盾激化。 4月6日、7日，欧共体和美国相继承认。

就在欧共体承认波黑独立之日，波黑五个塞尔维亚自治区宣布联合成立波黑塞族共和国，拒绝承认波黑独立，继续留在波黑。南斯拉夫主义联邦共和国。塞族人的行动立即招致穆嘶林和克族武装的袭击，在波黑建立的南斯拉夫人民军也遭到穆克武装的袭击，武装冲突骤然升级，冲突波及首都萨拉热窝以外，造成全面内战，导致“波黑战争”爆发（1992年4月-1995年12月）。
1994年3月，波斯尼亚和黑塞哥维那的穆嘶林和克罗地亚人同意组成联合会，共同对抗波斯尼亚和黑塞哥维那的塞族人。 1995年11月21日，各方签署《代托纳和平协定》，结束内战，将波黑分为穆克联邦和波黑塞族共和国两个政治实体。在这场内战中，波黑共有20万人死亡，超过200万人流离失所。战后，北约继续在波黑建立维和部队，2004年底被欧盟取代。
2006年10月1日举行议会选举。10月18日，中央选举委员会公布，波什尼亚克族的哈里斯·西拉伊季奇、塞尔维亚族的内博伊沙·拉德马诺维奇和克罗地亚族的泽利科·科姆希奇当选为主任团成员。众议院42个席位中，行动党获得9席，波黑党获得8席，独立社会联盟和波黑社会党分别获得7席和5席。其余席位被其他一些党和党联盟赢得。 2007 年 2 月 9 日，宣誓就职，尼古拉·斯皮里奇 (Nikola Spiric) 担任部长会议主任。

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