由于在设计阿斯旺水坝时缺乏环保意识，大坝的建成对埃及的经济起到了重要的促进作用，同时也对生态环境造成了一定的破坏。
1.大坝工程造成流域沿线耕地土壤肥力持续下降。在大坝建成之前，尼罗河下游的农业受益于河水的季节性变化。为土壤补充肥力和水分。不过，大坝建成后，虽然引水灌溉可以保证农作物不受干旱威胁。但由于泥沙淤塞在库区上游，下游灌区土地无法吸收养分。因此，土地肥力不断下降，导致农业减产。
2.大坝建成后，尼罗河沿岸出现土壤盐碱化。由于河流不再泛滥，雨季没有多少河水冲刷土壤中的盐分，持续灌溉导致地下水位上升，将盐分从土壤深处带到地表，除了盐和灌溉水中的水。大量的各种化学残留物导致土壤盐碱化。
3.库区及库下游尼罗河水质恶化，以河水为饮用水源的居民身体健康受到威胁。大坝建成后，与原始尼罗河水相比，水库的水质和物理性质明显恶化。库区水体大量蒸发是造成水质变化的重要原因。另一个原因是土地肥力下降迫使农民大量使用化肥，化肥残留部分随灌溉水流回尼罗河，增加了河水的氮磷含量，导致河水富营养化和下游河水中浮游植物的生长，平均密度从 160 mg/L 增加到 250 mg/L。
此外，土壤盐碱化使土壤中的盐分和化学残留物大大增加，即使地下水受到污染，也增加了尼罗河水的盐度。这些变化不仅对河流中生物的生存和流域内耕地的灌溉产生重大影响，而且毒害了尼罗河下游居民的饮用水。

4.河水性质的变化导致水草、藻类到处蔓延，不仅蒸发了大量河水，还会堵塞河道灌溉渠道等。由于河水流量得到调节，河水浊度降低，水质发生变化，导致水生植物大量繁殖。这些水生植物不仅通过灌溉渠蔓延，还侵入了主要河道。它们阻碍了灌溉渠道的有效运作，需要经常进行机械或化学清洁。所以。它还增加了灌溉系统的维护成本。同时，水生植物也蒸腾大量水分，据埃及灌溉部估计，每年因水草蒸腾流失的水分达灌溉水量的40%。
5.尼罗河下游河床被严重侵蚀，尼罗河河口海岸线后退。大坝建成后，尼罗河下游含沙量急剧下降，水中悬浮物从1600 ppm下降到50 ppm，浊度从30-300 mg/L下降到15-40 mg/EU。河水中泥沙量的减少导致了尼罗河下游河床的侵蚀。
大坝建成后的 12 年里，从阿斯旺到开罗，河床平均每年侵蚀 2 厘米。预计尼罗河的河道将继续改变。形成一条新的稳定的河道，恐怕还需要一个多世纪的时间。河流下游泥沙含量的减少，加上携带沉积在河口沉积物的地中海环流，导致尼罗河三角洲的海岸线不断后退。一位前埃及军人说，他曾经站岗的灯塔沉入海中，距离现在的海岸有1-2公里。
6.因大坝而建的纳赛尔（Lago de Nasser）人工湖气势磅礴，但也严重威胁着岸边历史悠久的寺庙，许多寺庙沉入湖中。联合国教科文组织（UNESCO）为此展开了一系列的救援行动，虽然一些历史遗迹已经被抢救出来，但仍有非常珍贵的文化资产遭到破坏。

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