《史记·卷121·儒林列传》里这样说："及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉"。由此可见，秦始皇焚书焚的只是诗书，而不是所有的书籍，坑儒坑的大多是术士，不是儒生为主。而"焚书坑儒"是西汉之后的史学著作中出现的。
其实，秦始皇一开始是欢迎百家学说的，至少比商鞅变法后的历代秦国国君做得好。在商鞅变法之后，法家的统治思想在秦国确立下来，反对儒生和儒术，而且"焚诗、书而明法令"，可见在秦始皇之前秦国就有焚诗书的事情，儒家荀子曾经对秦昭襄王鼓吹儒生的作用，说儒者在朝廷当官就会使朝廷更加完美，在下面当百姓就会使风俗完美。
秦昭襄王是何人，虽然表面上表示同意，实际上仍然认为儒生对国家没有什么好处，秦君普遍轻视儒生儒术，由此可见一斑。秦始皇统一后，除了继续以法家为主外，也欢迎各家有真才实学的人为秦朝出谋划策，治理好秦朝，而之所以之后演变成"焚书坑儒"，可以分以下六个方面来说：
其一，儒生以古非今，妄议朝政，是焚书的导火索。
秦始皇统一六国后，郡县制在全国范围内确立下来，始皇三十年，秦始皇设宴庆贺，七十个博士为秦始皇祝贺，周青臣对秦始皇歌颂德说："以前秦国地不过千里，现在仰赖陛下圣明，统一天下，把割据的诸侯变成郡县，天下再无战争之患，这是传之万世的业，自上古以来，没有一个帝王能比上陛下的威德。"
秦始皇听着正高兴呢，这时一个叫淳于越的齐人博士却向秦始皇进谏说："臣听说商、周的王位能够传承一千多年，是因为把土地分封给了子弟和臣，让他们共同辅佐朝廷。现在陛下统一天下，子弟们却是平常人，万一出现了像田常、六卿那样的臣子作乱，谁能辅佐相救呢？事情不取法古制而长久不败的，从未听说过，现在周青臣又当面谈陛下的过失，并非是忠臣。"
显然，他们两个人都是片面的，一个是一派称颂的拍马屁，一个是一味的胡乱指责。秦始皇对周青臣的称颂和淳于越的一味指责没有马上表明态度，而是让大臣们充分讨论，发表自己的见解，但是秦始皇心中的怒火已经被淳于越等人点燃。
其二，以李斯为首的法家学派的挑拨，妄图秦朝独尊"法"术。
机灵的李斯一下就意识到这场讨论并非一般的讨论，将会直接影响秦朝的国策和法家思想在秦朝的地位，他抓住淳于越的"师古"大做文章："五帝不相复，三代不相袭，时变异也。""陛下创立伟业，建立万世不朽之，本来就不是这些儒生所能理解的，他们只会说些虚无缥缈的三代之事，怎么去取法呢？
以前诸侯们割据一方，混战不已，如今全赖陛下之天下安定，法令统一，百姓在家应该努力从事农工生产，士应该学习朝廷法令避讳禁令。可是现在这些儒生不师今而学古，以古非今，迷惑煽动百姓。"李斯紧紧把矛头对准儒生。
李斯的话明显比淳于越的话更加实际，更富有进取精神，有现实根据，也是对秦始皇政策的肯定，更能获得秦始皇的认可和重视。
李斯趁机进一步煽动说："以前天下战乱，是国家不能统一、诸侯并立造成的，如今儒生却要重新回到分封割据时代，岂不是让天下重新动乱？儒生们'言必称尧舜'，开口'诗曰'，闭口'书云'，而《诗》、《书》等'经典'正是儒生们'以古非今'的主要文献根据，丞相臣斯冒死进言，天下藏有《诗》、《书》、诸子百家著作者，将书上缴到郡县官吏处烧掉。"
李斯的建议，其实是文化思想上的专制论，妄图秦朝罢黜百家，只尊崇法家，这和汉武帝时期董仲舒建议汉武帝"罢黜百家，独尊儒术"是一样的道理。李斯的话，完全是火上浇油的行为，秦始皇心中的怒火被李斯煽的旺了起来。
其三，"焚书"，焚的不是所有的书，本意是为了统一思想，安稳秦朝。
李斯的建议得到秦始皇的一定认同，但目的却不一样，秦始皇才不管法家还是其他的什么家，只要有利于王朝的统治，就是好的学说，他焚《诗》、《书》的本意是为了让"以古非今"的人失去根据，所焚的也只是流传在民间的书籍，而官府的藏书不在焚烧之列。
而且焚书令第三条明确规定：所不去者医药、卜筮、种树之书。所说的医药、卜筮、种树之书，包含了《汉书·艺文志》里的方技、数术、农书三大类，如医药学领域的《黄帝内经》、《本草经》，天文方面的《甘石星经》，历谱方面的《夏殷周鲁历》，工业技术方面的《考工记》，关于地理学和地图方面的《山海经》，农家的《神农》，数术占类的《神农教田相土耕种》，介绍光学、力学、几何学、逻辑学等各方面科学知识的《墨经》等等，这些实用书籍都没有被焚毁，被允许保存下来。
可见，秦始皇焚书的主要目的是为了统一思想，而与统一思想无关的书籍，尤其是以上各种实用类的书籍，并没有被焚烧。秦始皇虽然心有怒火，但还是知道克制的。
其四，儒生的诽谤攻击，方士的欺骗愚弄是导致"坑儒"悲剧的直接原因。
秦始皇封禅泰山时，因不懂如何进行，招来当地儒生询问，儒生却故弄玄虚说一些根本办不到的事情，秦始皇感到受到了捉弄和讽刺，而淳于越等人以古非今，诽谤攻击秦始皇建立的新制度，更是让秦始皇心中燃起了对儒生的怒火。
自古以来皇帝都想长生不老，秦始皇也不例外，这就使得方士们趁机捉弄欺骗秦始皇，竭尽全力从秦始皇那里骗吃骗喝骗钱财。看到针对儒生的焚书令，使那些玩弄骗术的方士卢生等人感到担心，知道长此下去秦始皇是不会饶恕自己的。卢生和另外一个方士侯生商议，背后议论抨击了一番秦始皇的暴政，为了给自己子虚乌有成仙之药的骗局开脱，攻击挖苦秦朝制度，一阵痛骂之后逃之夭夭。
秦始皇听说后大怒："我前些时候没收天下没用的书籍烧掉，招致很多文学方术之士，想要谋求国家的太平，这些方士骗我说炼丹求药，如今韩众一去不复返，徐福等人浪费大量的钱财找不到长生之药，却每天说些营求好利的无用之言。卢生等人我平常厚待他们，并给他们厚重的赏赐，如今逃走了还诽谤我，对我不仁，我派人去察问，有些则专门制造妖言，迷惑百姓。"
秦始皇下令把在咸阳的读书人抓起来审问追查那些诽谤自己的人。儒生方士们大都是呈口舌之辩的人，哪经得起这种严刑审问，这时候哪还顾得上他们所说的仁义道德和君子之行，只顾得开脱自己而互相告发，一时间大量儒生牵扯其中，当然，这些儒生中难免会有些是被冤枉的。
秦始皇便在这些儒生方士中亲笔圈定了四百六十人，以"妖言"、"诽谤"的罪名下令活埋，这就是历史上的"坑儒"事件。可见，秦始皇"坑儒"坑杀的只是一些欺骗自己的方士和部分诽谤自己的儒生，而不是反对所有儒生。
试想想，如果是你，花费了巨大的财富来豢养着像卢生和侯生这样的不会办实事、只会呈口舌之辩的方士，结果被他们愚弄来愚弄去，骗取了你大量钱财，背后还把你嘲笑痛骂一番，然后逃之夭夭，你能容忍吗？
其五，秦朝的过快灭亡，使后世儒生夸大秦始皇的过失，掩饰他的绩和不得已。
秦朝北击匈奴，南平百越，北筑长城，内修驰道，本来件件都是万世不朽绩，却因为大规模工程短时间内的集中开展，民力不堪重负揭竿而起最终推翻秦朝，秦朝时间过短，二世而亡，秦始皇的很多绩因为秦朝的迅速灭亡而被人有意掩饰，"焚书坑儒"也被当作秦始皇的暴政之一，而"焚书坑儒"背后的不得已，方士和部分儒生的欺骗诽谤，却很少被人理解。所谓成王败寇，用在这里来形容，也有一定道理。
其六，后世儒生把秦的灭亡和秦朝不尊儒术联系起来，证明儒术的重要性。
后世儒生大肆宣扬秦始皇的"焚书坑儒"，并总结成秦之所以灭亡，就是因为当时不重用儒生儒术导致的，以秦的"焚书坑儒"进行思想上的"要挟"，让统治者重视儒术，重用儒生，也就是重用自己。所以，后世读书人为了让当朝统治者重视自己，也有意夸大秦始皇的过失，片面宣传"焚书坑儒"。
结语
秦始皇的"焚书坑儒"，并不是后世儒生口中的焚书坑儒，"焚书坑儒"的发生跟淳于越等儒生的一味攻击指责、李斯等法家学派的煽动、方士的欺骗愚弄有很大的关系，而事实上的"焚书"并不是烧掉所有的书籍，只是把没有实用价值民间流传的思想类书籍焚毁，"坑儒"只是把在咸阳诽谤攻击朝政的儒生方术之士坑杀。
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秦始皇焚书坑儒的原因有哪些
秦始皇焚书坑儒竟然被误会了两千年
秦始皇焚书坑儒的真正原因是什么