经济损失
在我国，从南到北、从东到西，几乎随处可见这些外来生物入侵者制造的麻烦。“我国是遭受外来物种入侵严重的国家之一。2001～2003年，原国家环保总局组织开展了全国外来入侵物种调查。
调查发现，全国共有283种外来入侵物种，每年对经济和环境造成的损失约1200亿元，而现在损失已经高达2000亿元。
据国际自然资源保护联盟的报告，外来物种入侵给全球造成的经济损失每年超过4000亿美元。令人担忧的是，在这些外来入侵物种中，46.3%已经入侵自然保护区。”国家环境保护部自然生态保护司生物安全管理处王捷处长日前说。
环保专家认为，近年来，我国外来生物入侵现象日益增多，由此造成的生物安全问题也越来越严重，有效防范外来物种入侵刻不容缓。
物种灭绝
外来有害生物侵入适宜生长的新区后，其种群会迅速繁殖，并逐渐发展成为当地新的“优势种”，严重破坏当地的生态安全。
具体而言，其导致的恶果主要有以下几项：
外来物种入侵会严重破坏生物的多样性，并加速物种的灭绝 生物的多样性是包括所有的植物、动物、微生物种和它们的遗传信息和生物体与生存环境一起形成的不同等级的复杂系统。
虽然一个国家或区域的生物多样性是大自然所赋予的，但任何一个国家莫不是投入大量的人力、物力尽力维护该国生物的多样性。
而外来物种入侵却是威胁生物多样性的头号敌人，入侵种被引入异地后，由于其新生环境缺乏能制约其繁殖的自然天敌及其他制约因素，其后果便是迅速蔓延，大量扩张，形成优势种群，并与当地物种竞争有限的食物资源和空间资源，直接导致当地物种的退化，甚至被灭绝。
破坏生态
外来物种入侵，会对植物土壤的水分及其他营养成份，以及生物群落的结构稳定性及遗传多样性等方面造成影响，从而破坏当地的生态平衡。
如引自澳大利亚而入侵我国海南岛和 雷州半岛许多林场的外来物种薇甘菊，由于这种植物能大量吸收土壤水分从而造成土壤极其干燥，对水土保持十分不利。
此外，薇甘菊还能分泌化学物质抑制其他植物的生长，曾一度严重影响整个林场的生产与发展。
威胁健康
如起源于东亚的“荷兰榆树病”曾入侵欧洲，并于1910年和1970年两次引起大多数欧洲国家的榆树死亡。
又如40年前传入我国的豚草，其花粉导致的“枯草热”会对人体健康造成极大的危害。每到花粉飘散的7～9月，体质过敏者便会发生哮喘，打喷嚏，流鼻涕等症状，甚至由于导致其它并发症的产生而死亡。
外来物种入还会给受害各国造成巨大的经济损失。 对于任何一个国家而言，想要彻底根治已入侵成的外来物种是相当困难的，实际上，仅仅是用于控制其蔓延的治理费用就相当昂贵。
在英国，为了控制12种具有危险性的外来入侵物种，在1989～1992年，光除草剂就花费了3.44亿美元，而美国每年为控制“凤眼莲”的繁殖蔓延就要花掉300万美元，同样，我国每年因打捞水葫芦的费用就多达5～10亿元，由于水葫芦造成的直接经济损失也接近100亿元。
据美国、印度、南非向联合国提交的研究报告显示，这三个国家每年受外来物种入侵造成的经济损失分别为1500亿美元，1300亿美元和800多亿美元。
而据国际自然资源保护联盟的报告，外来物种在非洲蔓延迅速，已严重破坏了生物多样性和经济发展，每年造成的经济损失多达数十亿美元，且报告的起草人霍华德认为，目前所了解到的外来物种给非洲造成的破坏可能只是冰山一角，其对非洲生态和经济发展的影响可能要比估计的大得多。
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