生态系统是经过长期进化形成的，系统中的物种经过成百上千年的竞争、排斥、适应和互利互助，才形成了现在相互依赖又互相制约的密切关系。
经济损失
在我国，从南到北、从东到西，几乎随处可见这些外来生物入侵者制造的麻烦。“我国是遭受外来物种入侵严重的国家之一。2001～2003年，原国家环保总局组织开展了全国外来入侵物种调查。调查发现，全国共有283种外来入侵物种，每年对经济和环境造成的损失约1200亿元，而现在损失已经高达2000亿元。
据国际自然资源保护联盟（IUCN）的报告，外来物种入侵给全球造成的经济损失每年超过4000亿美元。令人担忧的是，在这些外来入侵物种中，46.3%已经入侵自然保护区。”
物种灭绝
入侵种和本地种之间可以通过直接的基因交流——例如杂交（hybridization）和基因渗透（introgression），对本地种的遗传产生影响。
例如，入侵种与本地种之间可能通过杂交，产生一种新的、有入侵性的杂合体基因型，例如北美的平滑网茅（Spartina alternifora）与欧洲的S.maritima杂交可形成了一种新的更有入侵性的多倍体物种（S.anglica）。
入侵种和本地种可能还会杂交产生不育的杂合体，与本地种竞争资源，对于濒危种其实是浪费配子；再如入侵种和本地种可能产生一群杂交体和广泛的基因渗透，通过“基因污染”而导致本地种的灭绝。
外来有害生物侵入适宜生长的新区后，其种群会迅速繁殖，并逐渐发展成为当地新的“优势种”，严重破坏当地的生态安全，具体而言，其导致的恶果主要有以下几项：第一，外来物种入侵会严重破坏生物的多样性，并加速物种的灭绝生物的多样性是包括所有的植物、动物、微生物种和它们的遗传信息和生物体与生存环境一起形成的不同等级的复杂系统。
虽然一个国家或区域的生物多样性是大自然所赋予的，但任何一个国家莫不是投入大量的人力、物力尽力维护该国生物的多样性。
而外来物种入侵却是威胁生物多样性的头号敌人，入侵种被引入异地后，由于其新生环境缺乏能制约其繁殖的自然天敌及其他制约因素，其后果便是迅速蔓延，大量扩张，形成优势种群，并与当地物种竞争有限的食物资源和空间资源，直接导致当地物种的退化，甚至被灭绝。
破坏生态
外来物种入侵，会对植物土壤的水分及其他营养成份，以及生物群落的结构稳定性及遗传多样性等方面造成影响，从而破坏当地的生态平衡。
如引自澳大利亚而入侵我国海南岛和雷州半岛许多林场的外来物种薇甘菊，由于这种植物能大量吸收土壤水分从而造成土壤极其干燥，对水土保持十分不利。此外，薇甘菊还能分泌化学物质抑制其他植物的生长，曾一度严重影响整个林场的生产与发展。
威胁健康
如起源于东亚的“荷兰榆树病”曾入侵欧洲，并于1910年和1970年两次引起大多数欧洲国家的榆树死亡。又如40年前传入我国的豚草，其花粉
导致的“枯草热”会对人体健康造成极大的危害。每到花粉飘散的7～9月，体质过敏者便会发生哮喘，打喷嚏，流鼻涕等症状，甚至由于导致其它并发症的产生而死亡。
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