河豚最有毒的部位是卵巢和肝脏，其次是肾脏、血液、眼睛、鳃和皮肤中的毒素。河豚的肌肉中不含毒素，但吹鱼死后内脏中的毒素会深入肌肉。此时，鱼肉也会含有少量毒素。河豚的繁殖周期会影响其毒性。在晚春和初夏，用怀卵河豚毒性较大。

河豚中毒症状
胃肠道症状：进食后立即出现恶心、呕吐、腹痛或腹泻。
神经麻痹症状：嘴唇、舌尖和手指麻木；随后全身麻木、眼睑下垂、四肢无力、路径不稳、共济失调、肌肉麻痹和肌腱反射消失。
呼吸衰竭和反流症状：呼吸困难、呼吸短促、浅表和不规则发绀、血压下降、瞳孔先缩小后扩张或两侧不对称、言语障碍、昏迷，之后死于呼吸衰竭和反流。
河豚毒素毒性作用的主要特征是抑制神经和肌肉传导。河豚毒素除了直接作用于胃肠道并引起局部症状外，还可以在被吸收到血液中后迅速麻痹神经末梢和神经中心，从而麻痹自愿性肌肉的运动神经；当中毒量增加时，会毒害迷走神经，影响呼吸，导致脉搏减慢；严重者，体温和血压下降，最终导致血管运动神经和呼吸神经中枢瘫痪，迅速死亡。TTX可选择性抑制兴奋性膜张力，阻碍钠离子通道的开放，从而阻止神经冲动的发生和传导，使神经肌肉兴奋性丧失。
从那时起，大多数研究工作都集中在通过阻断可兴奋组织中的钠通道来研究TTX。河豚对TTX有抵抗力和免疫力。河豚毒素结合位点位于钠通道中高度保存的孔隙形成区（P-loop），该区域含有与TTX高度兼容的芳香族氨基酸。如果在这个区域有一个从芳香族氨基酸到非芳香族氨基酸的氨基酸取代，它将显著影响其对TTX结合的敏感性。在对河豚毒素不免疫的生物体中，钠通道α-河豚毒素受体存在于亚单位入口附近的亚单位α-氨基酸残基中，以阻止钠离子进入细胞，导致河豚毒素中毒。

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