随着耶路撒冷犹太移民的兴起，以色列和阿拉伯人之间的冲突逐渐加剧。
1939年第二次世界大战前夕，英国发表了《巴勒斯坦问题》，停止了犹太人的移民，限制了犹太人购买阿拉伯土地，并准备逐步将巴勒斯坦移交给一个由阿拉伯人主导的地方，根据该，犹太人可以行使高度自治权。
战后，数十万在德国集中营获释的犹太囚犯被偷运到巴勒斯坦，压力越来越大。英国未能妥善处理以巴冲突，拒绝接受犹太大屠S的幸存者。此举受到国际舆论的一致谴责，并推动了犹太人对英国的行为迅速升级。

1947年2月15日，英国宣布巴勒斯坦问题应由联合国处理。调查结束后，联合国大会于11月29日讨论了巴勒斯坦问题，以33票对13票通过了分离和建国计划。就耶路撒冷而言，计划建立一个由联合国管理的特别国际制度，该制度既不是犹太国家，也不是阿拉伯国家的一部分。然而，该计划尚未实施。
1947年11月29日，大会第二届会议通过了关于巴勒斯坦分治的第181号决议，确定耶路撒冷是联合国管辖下的国际城市，其所有权有待确定。
1948年5月14日，以色列宣布成立，第一次中东战争爆发。战争结束时，西耶路撒冷被新的以色列国占领，东耶路撒冷（包括老城和西岸）被外部约旦（现在的约旦）占领。除了英国和巴勒斯坦，没有其他国家承认约旦对东耶路撒冷和约旦河西岸的占领。
1949年，以色列和约旦签署了停战协议，指定的停战线穿过耶路撒冷市中心。从那时起到1967年，东耶路撒冷和西耶路撒冷分别属于约旦和以色列。1950年，以色列以西耶路撒冷为首都。

在1967年的六日战争中，以色列吞并了东耶路撒冷，并立即开始将整个城市置于以色列的控制之下。它占据约旦境内6.4平方公里的耶路撒冷和约旦河西岸64平方公里的土地，并将这个地方重新命名为“东耶路撒冷”。如果被占领地区的居民自愿放弃约旦国籍，他们就可以获得以色列公民身份，这是大多数人都不接受的。
联合国安全理事会1967年和1973年通过的第242号和第338号决议分别要求以色列从包括耶路撒冷在内的被占领土撤出，但以色列对此置之不理。
1980年，以色列议会颁布了《基本法：耶路撒冷——以色列的首都》，其中规定耶路撒冷是以色列的“永恒和不可分割的首都”，而这一点尚未得到国家的承认。巴勒斯坦自治还宣布，耶路撒冷将成为未来巴勒斯坦国不可剥夺的首都，受到阿拉伯国家的谴责。
1984年，ysl会议耶路撒冷委员会特别会议决定5月18日为耶路撒冷日，以以色列占领。1988年11月，在阿尔及尔举行的巴勒斯坦民族委员会第十九届特别会议宣布建立一个得到世界大多数国家承认的以耶路撒冷为首都的巴勒斯坦国。
1988年，巴勒斯坦国宣布成立，包括我国承认近100个国家。在耶路撒冷阿拉法特的肖像前，他用阿拉伯语和希伯来语写道：“耶路撒冷，没有你，我的梦想将不完整！”
耶路撒冷问题是中东和平进程中最复杂、最敏感的问题之一。根据巴以双方在挪威首都奥斯陆达成的《原则宣言》，1993年双方将在1996年5月和平谈判的之后阶段之后，就耶路撒冷地位问题进行谈判。

在此之前，任何一方都不会采取改变人口结构等措施来改变圣城的现状。然而，自从以色列于1980年5月单方面宣布耶路撒冷为其长久首都以来，它一再征用圣城的土地并修建犹太人定居点，企图在通过征地计划解决耶路撒冷问题之前制造耶路撒冷犹太化的既成事实。
1995年4月28日，以色列决定征用53公顷巴勒斯坦土地，这是15年来东耶路撒冷较大的一次土地征用。此举遭到阿拉伯国家的强烈反对。
以色列领导人还一再表示，耶路撒冷作为首都的地位不能改变。1995年1月30日，以色列外交部长佩雷斯表示，“耶路撒冷是以色列的长久首都，在以色列成立之前，从未有过巴勒斯坦国。”耶路撒冷是以色列“统一、独特和长久的首都”。针对以色列的强硬立场，巴勒斯坦方面还重申，巴勒斯坦人对耶路撒冷拥有。
2017年12月6日，美国第45任总统唐纳德·特朗普公开承认耶路撒冷为以色列首都，这在全世界引起了强烈争议和不满，导致巴以冲突加剧。
耶路撒冷的最终地位一直是影响以色列-阿拉伯和平进程能否继续取得进展的关键问题之一，其最终解决仍然需要经过一个艰难的过程。

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