19亿年前，早元古代包括黄山在内的皖南整体处于大洋环境。中元古代时期，华南洋壳俯卧在扬子板上，黄山南侧的地壳持续下沉，同时发生海底火山喷发，黄山地区的水体逐渐变浅，地表没有沉积岩层。
8亿年前，海水绕过晋宁运动形成的江南古岛山脉，从东南方向进入黄山地区，皖南成为活动性大的下扬子海，黄山地区淹没在海水下，是皖南最深陷落的地带。2亿年前，中生代三重纪的“印支地壳运动”将古扬子海变成了陆地。
秦汉时代，文字记载中的黄山隐匿者只能是太守陈业的“清身而行，遁迹于此山”。南朝宋元嘉年间，东国（现在的）僧在黄山钵盂峰下建立了新罗庵，成为佛教传入的开端。隋唐时期，在黄山西南部的浮丘峰下建立了道教宫观浮丘观、敕建九龙观、浮丘坛。唐开元十八年（731年），佛教志满法师在黄山白龙潭附近建造了寺院，北宋时代捐赠了敕名祥符寺。
唐天宝六年（747年），佛教目轮法师在黄山轩辕峰下建立轩辕古刹，在清代改名为福固寺。唐中和二年（882年），天竺（现在的印度）僧麻衣禅师在黄山翠微峰下建造了翠微寺。北宋嘉佑8年（1063年），黄山采石峰侧建有黄山观（升真观）。南宋嘉定年间，黄山翠微峰下建有黄山堂（城山观），在炼丹峰前建有仙坛宫。南宋末年，道教全真道张尹甫真人建立了松谷观。
元代，黄山仙都峰下建有仙都观，紫石峰下建有轩辕宫，温泉岩壁上刻有“轩辕行宫”字样，水帘洞前有轩辕碑。明嘉靖年间，黄山建有朱砂庵，后来改名为法海禅院、护国慈光寺。明万历三十四年（1606年），普门禅师来山创建法海禅院，受天皇敕令扩展至“护国慈光寺”。之后，在玉屏峰前建了文殊院，在光明顶建了大悲院。明万历三十八年（1610年），佛教寓安禅师招募杯禅院建造，后敕名云谷寺。

明末清初，道教逐渐衰退，原道观的一部分废止，一部分改为寺庵，只有少数道羽散在未破坏的道路观中。佛教兴起，僧侣宿舍数和五台普陀之胜。清末民初，佛教寺宇多为香火不济，多年失修被破坏。
民国21年（1932年），国民的许世英首相准备设立黄山建设委员会。民国二十三年（1934年）4月，黄山建设委员会正式成立，设置了黄山、上海、屯溪三个办事处和南京、芜湖、杭州三个问讯处（通信所），从汤口镇到逍遥亭的道路开通，从云谷寺建设北海石段路，准备开天。
民国三十二年（1943年），黄山管理局正式成立，隶属于安徽省。民国三十六年（1947年），安徽省向行政院内政部报告，进一步明确了黄山的管辖范围。
1949年4月27日，黄山解放了。同年6月，皖南行署接手了黄山。同年7月，黄山人民管理处正式成立，为科级建立。在黄山的范围内，道教活动已经灭绝了。1954年，华东军政委员会、安徽省委和安徽省人民有关领导人的登山计划，着手建设黄山。1956年，登山步道竣工，逍遥亭开通了温泉路，修建了观瀑楼、黄山酒店、温泉池、海门精舍（今艺海楼）等建筑物。
1958年，黄山新设了北海酒店、新温泉楼、炼玉亭、观鱼亭等。W革期间，黄山人民管理处瘫痪。1979年7月，dxp同志视察了黄山。1979年10月，安徽省黄山管理局成立，黄山正式对外开放。1980年5月，安徽省人民成立了黄山计划领导小组。
1981年，黄山计划指导小组委托清华大学建筑学部编制《黄山风景区总体规划》。1982年1月，完成了《黄山风景区全体计划》的编制。1988年7月，“黄山风景区总体规划”经国务院原则同意，由建设部批准实施。

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