在叛乱战争结束后，清廷没收藩的产入官，发工资，撤除藩，回到京师。吴三桂部调动到边区站、台服役，其余的各部分再次被编入八旗。福州、广州、荆州派八旗兵驻扎，广西、云南派绿营兵镇守，彻底解除了藩镇制。另外，这次叛乱战争的胜利意味着解放受“三藩”割据害的人民，为这些地区的社会经济复苏和发展提供必要条件，有利于边境和大陆的经济、文化交流。
此后，西历1683年推翻了台湾的明郑z权。这样一来，南明的抗清实力彻底消失了。今后没有组织性的反清复运动。之后，清廷开始从事行政和财政经济的调整改革，致力于解决边境问题。
这次叛乱战争的胜利，消除了地方割据势力，避免了国家的大分裂，有利于多民族统一国家的巩固发展。同时中央集权制的力量得到强化，对抗外敌的能力得到了提高。

吴三桂等人发动的事件，打着“兴明战俘”的旗号，得到了很多和不满满清朝廷的人的支持，在短短的时间内席卷了长江以南地区，但他自己把清军拉进了关口，自己杀害了永历帝，因此得不到日元没能得到很多人的支持。而且其根本目的是分裂割据，起事诸将皆为其朋党，吴三桂死后，登时土崩瓦解。所以失败是必然的。
康熙以史为鉴，能认真吸收历史经验教训，首先制定一个比较完整详细的撤退计划和被撤出的藩王待遇安排等，8年的“三藩之乱”本来可以避免。

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