公元前214年，在灵渠粮道全面开通保障后勤补给后，秦始皇再次召集10万兵，与剩下的20万秦军，任命任嚣为主将、赵佗为副将再次进军百越。因为第一次的交战得出的经验，秦军进军速度增快很多，而且此时百越军不足6000人，此次秦军几乎没有遇到大的抵抗就占领岭南全境，并设置了南海、桂林、象郡等三郡。
这次进攻，与四五年前不同的是，秦王朝和秦军将领吸取屠睢在征战中的教训，在战略上采取了“发诸尝逋亡人、赘婿、贾人”随大军行进，每当秦军占领一地便将部分移民留驻此处，这不仅使秦军有了较稳定的后方根据地，同时也使秦军在人力的消耗中有所补充，而大批的商贾在岭南的经营，也为军队粮饷的补给创造了条件。
在这种优势条件下，秦军凭着丰厚的粮草和精良的武装设备，在百越战场上开始了大规模的征伐，大军所到之处，兵锋凌厉，势如破竹，未费多大力气就击溃了西瓯部落的反抗力量，占领了今广西等地的西瓯地区。随后任嚣、赵佗又挥戈南下，乘胜进击，一举击溃了雒越部落〔文郎国〕，占领了今越南中、北部的雒越地区。至此，秦王朝于公元前219年发动的征服岭南的战争，在经历了四五年波诡云谲的刀光剑影和血雨腥风之后，终于在公元前214年，以秦军彻底征服岭南百越部落的胜利而宣告结束。
秦军占领岭南后，秦始皇很快在该地区设立了桂林、象郡、南海等三郡，把岭南正式纳入秦王朝的版图。为了巩固其占领区，防止越人反抗力量死灰复燃，加强对越人的控制，秦王朝采取了军事管制性的戍守政策，并“置东南一尉，西北一侯”，以加强对该地区的统治和防守。
所谓“东南一尉”，就是在岭南三郡“置南海尉以典之”，由掌兵的南海尉专断一方，加强其军事应变能力。南海尉驻南海郡治番禺。秦王朝任命的南海尉就是继屠睢之后率兵击越的指挥官任嚣，为避免分散南海尉的权力，秦王朝决定三郡一律不设郡守，只设监御史主管一郡事务。所谓“西北一侯”，即在岭南西北方的交通孔道上建筑城堡，驻扎重兵，以防西瓯人北窜。
史籍记载秦始皇除实行戍守政策外，还采取了建立郡县制；有组织地大量向岭南移民；开新道，凿灵渠等等政治经济措施。
秦统一以前，从中原到岭南没有人工开凿的道路，人们沿着五岭山脉南北分流的河道往来。这些地方山高岭峻，鸟道微通，不能行车，成为阻塞南北的天然障碍。随着秦向岭南进军，差遣大量戍卒、罪人，奇技淫巧辈（大概相当于今科技工作者）等贱民修筑沟通岭南的道路，秦始皇三十四年发配有罪官吏在岭南从事的苦役，主要是筑路，所筑的陆路就是岭南“新道”。
文献描述秦始皇采取的开新道和凿灵渠，不仅是当时军事上的一项重大战略性措施，在加强岭南与内地的联系，打破岭南与岭北的闭塞局面，促进岭南的开发方面，都起了极其重要的作用。
第三次战争是赵佗于公元前210年攻瓯骆之战，以抚民为主。历史学家一般称这次战争是第二战的延续而已。
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