当大鲵（娃娃鱼）资源遭到严重破坏时，必须首先考虑自然生态环境的保护、自然种群的恢复和资源的开发，进行人工繁育，才能有计划地合理利用这一资源方式。
保护遗传多样性
虽然大部分大鲵产地都建立了自然保护区，但栖息地碎片化和点状分布特征使得同一大鲵自然保护区内不同大鲵种群之间无法进行高效的基因交换。
已经有迹象表明，偏远地区的大鲵发生了基因退化，比如近年贵州省贵州县烟霞乡地下河涌出的大鲵幼鱼，即使在人工养殖环境中，其生长速度也明显迟缓。这可能是暗河中亲鲵由于与其他种群隔离，近亲杂交导致。
对几种人工养殖的鱼类进行分析发现，人工驯化繁殖不可避免地会丢失动物的一些特定等位基因和遗传位点，导致驯化种群的遗传变异性和遗传多样性降低。大鲵人工繁育后代会出现一定程度的近亲繁殖和纯合现象，多个养殖场出现种质退化现象。
人工繁育后代的多态性信息含量降低，人工繁育群体的遗传多样性水平也随之降低，等位基因大量丢失。遗传多样性的丧失将导致种群后代的抗病能力、种子存活率和繁殖能力下降，这对大鲵的物种发展十分不利。
大鲵基本上一生都生活在水中，对水生环境的依赖性很强，迁徙能力很差，散布能力也很有限。地理模式通常可以产生遗传分化并反映物种内亚种群之间的遗传关系。因此，地理隔离后，物种种群间的基因流动被阻断，久而久之，不同地区的大鲵种群逐渐形成了独特的遗传特征。
1992年12月，高波等人在甘肃省康县附近的高寒地带发现了原始大鲵种群，它们具有在高寒地带生存的一些特点，与普通大鲵略有不同。
四川省兴文县也发现了白色大鲵种群。现代分子生物学技术证实，全国大鲵种群按流域可分为黄河种群、长江种群和珠江种群，三个种群之间已经存在遗传分化。
不同地区野生大鲵的人工繁殖，最终会导致不同产地的大鲵基因趋同，原本特异的基因就会消失。
因此，水产养殖业的蓬勃发展，带动了各地大鲵的相互交流，直接导致了全国大鲵的趋同。各水系和自然保护区应避免人为因素造成的外来大鲵雄激素与本地基因的混合，保护本地野生大鲵特有的发展。
增殖放流
谨慎放流大鲵人工繁育种群，科学繁放放流，提高放流效果。
一是科学选择栖息地，评价出水口生态环境，科学评价周围环境和水体环境是否适宜大鲵及其幼苗生存。苗木对生境要求高，无法成活将直接导致放生失败。
二、放流目的是重建当地野生大鲵的自然种群，使其自然繁殖。里面。取得良好的效果。
第三，从遗传角度，避免包括大鲵亲本的近亲，避免包括来自不同流域种群的大鲵亲本。自2002年以来，张家界市每年在自然保护区内进行1-2次大鲵放流，至2008年放流点较大放流点大鲵资源量并无大幅增加的迹象，数量大幅增加.领导介绍，贵州等地也先后制作了几只大鲵扩散放生。
促进产业收益合理回归
人工养殖对促进大鲵的保护非常有效。目前大鲵人工养殖规模较大，年产苗量也能满足市场需求，一度供不应求的市场已成为严重的滞销，大鲵的销售价格也有所下降。从高峰时的4000多元/公斤到600-800元/公斤，大鲵产业发展市场受阻，严重影响了群众养殖积极性。
长期以来，大鲵的销售主要在养殖户之间进行，能上餐桌的大鲵数量很少，只是随着养殖规模的扩大，才导致现在的情况。
目前主要的问题是大鲵的销售市场不景气，对大鲵的销售政策还没有放开，国内能卖大鲵的优质饭店寥寥无几，全国只有少数大农户可以销售。要妥善引导养殖户，放开政策，根据市场发展情况，逐步允许大鲵的驯养、养殖、销售和餐饮、酒店经营。
扩大大鲵销售市场，带动全行业培育稳固的市场规模和秩序，使大鲵价格回落到合理水平，大鲵产业不再成为暴利行业。有效遏制偷猎和过度捕猎。
推广大鲵仿生态和原生态驯养养殖技术
原生态和仿生态育种技术被证明具有良好的发展前景，部分仿生态技术已获得国家专利技术认证，达到国内先进水平，仿生态种苗和原生态的出现具有一定规模。
仿生态尤其是原生态培育出的大鲵幼苗体质强健，克服了种质资源退化的问题。和野生大鲵没有太大区别。仿生态、原生态栽培有利于良好种源保护。
在此环境下饲养的大鲵经过繁衍放流，能更好地适应野外环境，生存和繁殖能力更强，繁衍放流效果更为显着。仿生态和原生态养殖技术的突破，将极大推进大鲵资源保护，应在全国自然条件适宜的地区推广。
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